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点击链接获取完整资源：https://pan.baidu.com/s/1iwqNfS3bX77Hh_JQefBOyg?pwd=5cfe这是一款名为“筹超”的软件工具，由Evans在2008年8月22日发布，文件格式为DOC，可能为工具的使用说明或配置文档。该工具适用于需要超算或高性能计算场景的用户，主要功能包括资源调度、任务管理和性能优化等。软件支持多平台操作，能够帮助用户高效利用计算资源，提升处理速度。适用于科研机构、工程仿真、大数据分析等领域。使用时需注意系统兼容性，建议在官方渠道获取最新版本。
一、VaspCZ软件简介VaspCZ(VaspCheckbyZzd)是中科院上海应物所的张正德博士在读博期间为提高科研效率而开发的Vasp辅助程序。该程序包含软件部分和API部分。https://github.com/zhangzhengde0225/VaspCZ(VaspCZ)软件部分提供了Linux字符串用户界面，用于在超算平台中快捷提交任务和检查结果。包含三个模块：结构优化和静态计算(OS)模块、过渡态计算(NEB)模块和测试(Test)模块。API部分为软件部分的底层，是自己写的一个python库。为有python基础的研究者提供了调用相关功能的接口，可以实现自定义计算和编写上层应用。库名：VaspCZ.zzdlib，包含三个模块：shell模块、File模块和Vasp模块。API说明文档。https://github.com/zhangzhengde0225/VaspCZ/blob/master/docs/VaspCZ_python_API.md(API说明文档)求githubstar中，如果你觉得本项目不错，烦请点击项目右上角Star，感谢！~反馈调试中，如使用中遇到问题，敬请上报到drivener @ 163.com，再次感谢！~
二、VaspCZ软件安装1.安装和卸载代码下载：gitclonehttps://github.com/zhangzhengde0225/VaspCZ.git或者访问githubVaspCZ网址下载，下载后解压：unzipVaspCZ.zip进入安装程序目录：cdVaspCZ默认VaspCZ安装配置为：程序安装路径说明VaspCZ软件用户根目录/binlinux主程序vtst用户根目录/binVTST过渡态工具VaspCZ.zzdlib相应python3的site-packages目录pythonAPI接口Vasp.sh用户根目录超算平台PBS系统提交任务的脚本，需要自行准备拷贝到该路径下并命名为Vasp.shPseudoPotential用户根目录生成POTCAR所需的赝势文件的文件夹，需要自行准备并拷贝到该路径下，命名方式为~/PseudoPotential/[赝势名]vcz用户根目录/bin/VaspCZVaspCZ主程序快捷键如需修改安装配置，请修改install.py第6-10行对应设置再进行安装。安装：python3install.py输入快捷键运行程序：vcz程序界面如图：出现程序界面，说明安装成功。如更新版本，安装前请先卸载：python3uninstall.py2.错误提示(1)权限不足如果安装时提示：PermissionError:[Errno13]Permissiondenied:"VaspCZ"请使用管理员账号用以下命令安装。sudopython3install.py如无管理员账号，请给当前用户安装独立的python后再安装VaspCZ源码安装用户独立python3教程(2)缺少python库VaspCZ运行需要的库有：numpy如果提示：ModuleNotFoundError:Nomodulenamed"numpy"使用pip3安装相应库即可：pip3installnumpy
三、VaspCZ软件使用和示例本章主要描述软件部分的使用方法和示例，PythonAPI接口部分仅描述功能，接口详尽信息参见API说明文档。1.VaspCZ软件部分(主程序)软件部分提供了Linux字符串用户界面，用于在超算平台中快捷提交任务和检查结果。包含三个模块：结构优化和静态计算(OS)模块、过渡态计算(NEB)模块和截断能K点测试(Test)模块。成功安装后输入快捷键即可进入用户界面：vcz输入模块对应的选项即可进入相应模块。(1)OptandSta模块该模块提供了用于快捷进行结构优化(Optimization)计算和静态(Static)计算的功能。用户界面：包含功能：功能标签功能名称1.1产生Vasp输入文件(示例)1.2修改INCAR为静态计算INCAR1.3产生赝势文件POTCAR1.4产生网格文件KPOINTS1.5产生提交任务脚本Vasp.sh1.6仅保留Vasp输入文件1.7前检查并提交任务1.8后检查并打印计算结果OS模块功能示例：进入到项目自带的examples：(请将"/home/zhangzd/bin"替换你的VaspCZ安装路径)cd/home/zhangzd/bin/VaspCZ/examples/OS模块下1.1-1.7功能示例：进入1.1-1.7cd1.1-1.7该文件夹为空文件夹。输入：vcz1而后输入1-7数字可以执行相应功能1.1产生Vasp输入文件(示例)会在该目录下产生Vasp的5个输入文件的示例：INCAR、POSCAR、POTCAR、KPOINTS和Vasp.sh注意：生成Vasp.sh文件需要配置：Vasp.sh为PBS系统提交任务的脚本，因不同平台的脚本内容会有所不同，请将适合该平台的脚本正确拷贝到安装目录下，默认为：用户根目录，目录结构如下所示：用户根目录(或配置的Vasp.sh路径)||Vasp.sh|...(files)1.2修改INCAR为静态计算的INCAR在当前路径的结构优化INCAR上修改为静态计算的INCAR。修改项目：SYSTEM=StaticIBRION=-1NSW=1#EDIFFG=-0.011.3产生POTCAR输入元素列表和赝势类型产生POTCAR。默认产生适配当前目录下的POSCAR内的元素的POTCAR，默认赝势类型为PBE。注意：将从安装VaspCZ时配置的赝势路径下读取数据，默认为用户根目录。使用该功能请将赝势文件夹命名为PseudoPotential并按如下目录安装。用户根目录(或配置赝势安装路径)|---PseudoPotential|---PBE|||---H|---He|---...(dirs)|---PW91---LDA---US_LDA_GGA---...(dirs)1.4产生KPOINTS输入网格和方法产生KPOINTS文件。默认网格为：555。默认方法为：Monkhorst。与Vasp官网一致，方法可只输入开头的字母如：M，可选方法有：M(Monkhorst)，A(Auto)1.5产生Vasp.sh输入任务所需节点数、核数和任务名产生提交任务脚本Vasp.sh。默认：节点数：1核数：12任务名：jobname注意：将从VaspCZ安装时候配置的Vasp.sh路径下读取数据，默认为用户根目录。使用该功能前请正确安装Vasp.sh。1.6保留Vasp输入文件删除其他所有文件和文件夹，仅保留Vasp的5个输入文件(INCAR、POSCAR、POTCAR、KPOINTS和Vasp.sh)，用于计算出现问题，重新算。选择该功能后可输入文件名添加需要额外保留的文件。1.7前检查并提交任务准备好输入文件后，进行前检查，检查INCAR、POSCAR和POTCAR是否匹配，检查通过后将打印检查信息，并提示是否提交任务。OS模块下1.8功能示例：退出1.1-1.7并进入1.8cd..cd1.8该文件夹为计算好的Fe-Te体系不同情形下的结构优化结果。输入运行1.8功能：vcz181.8检查结果检查当前目录及所有子目录下的结构优化和静态计算的结果，如OUTCAR或者log中有错误(ERROR)或警告(WARNING)或提示所在位置。输出如图所示：检查所有路径计算是否完成，输出当前路径、完成状态、离子步数和电子步数。检查完后，输出当前路径、能量、离子步数、磁矩、POSCAR和CONTCAR原子之间的距离、原子最大受力。(2)NEB模块该模块提供了便捷的NEB方法计算过渡态的功能。用户界面：包含功能：功能标签功能名称2.1一键结构优化到静态计算2.2一键静态计算到过渡态计算2.3过渡态振动分析2.4仅保留结构优化输入文件2.5仅保留过渡态输入数据2.6检查过渡态受力情况2.7检查过渡态各态原子距离2.8检查过渡态计算结果2.9检查过渡态振动分析结果过渡态计算的一般过程：先做结构优化，而后静态计算，最后过渡态计算，如需再振动分析。目录结果如下：NEB计算目录|...(files)---ini||...(files)|---Opt||...(files)---fin|...(files)---Opt|...(files)在准备进行过渡态计算的目录下，创建文件夹ini和fin分别代表初态和末态，在它们之下再分别创建Opt文件夹。计算操作流程：
1、ini/Opt/下进行初态的结构优化。
2、fin/Opt/下进行末态的结构优化。
3、ini/下在结构优化完成后进行静态计算以获得更准确的能量。
4、fin/下在结构优化完成后末态静态计算。
5、当前路径下在两个静态计算完成后进行过渡态计算。
6、如需，过渡态完成后当前路径下进行振动分析。NEB模块功能示例：进入到VaspCZ安装目录examples文件夹下：cd/home/zhangzd/bin/VaspCZ/examples2.1一键结构优化到静态计算如前过渡态的一般过程所示，结构优化完成后，自动进行初末态的静态计算。进入2.1：cd2.1该文件夹下包含一般性的过渡态计算结构，且ini/Opt和fin/Opt下计算已完成。(可用OS模块的1.8功能检查结果)调用vcz，选择功能2.1：vcz21此时：选择1为当前文件夹下的静态计算到结构优化，选择2为一键提交ini/和fin/文件下下的静态计算。输入节点数、核数和文件名提交任务。默认为：参数默认值节点数ini/Opt/Vasp.sh中读取核数ini/Opt/Vasp.sh中读取任务名ini/Opt/Vasp.sh中的最后一位改为S2.2一键静态计算到过渡态计算如前过渡态的一般过程所示，静态计算完成后，自动进行过渡态计算。进入2.2文件夹:cd2.2该文件夹下包含一般性的过渡态计算结构，且ini/Opt、fin/Opt、ini/和fin/下计算已完成。(可用OS模块的1.8功能检查结果)输入vcz调用程序选择功能2.2即可实现自动提交过渡态计算任务。输入节点数、核数和文件名提交任务。默认参数为：参数默认值节点数~初末态结构原子距离和/0.8，取奇数核数ini/Opt/Vasp.sh中读取任务名ini/Opt/Vasp.sh中的最后一位改为N2.3过渡态振动分析过渡态完成后，计算迁移原子在初态、过渡态和末态中三个自由度上的尝试频率。使用初态和过渡态的尝试频率可以计算该迁移过程的有效率。计算方法为：该原子在初态时三个自由度上的尝试频率之积比该原子过渡态时的两个自由度上(共三个自由度，其中一个是虚频)的频率之积。进入2.3文件夹：cd2.3该文件夹下包含已经计算好的过渡态文件。(可用NEB模块的2.8功能检查结果)调用vcz，并选择功能2.3输入任务节点数、核数和是否包含末态振动提交任务。默认参数为：参数默认值节点数1核数8是否包含末态False提交任务后会创建vibysis文件夹，内再创建inistate,sadstate和finstate，
